Saskaņā ar Ministru kabineta 06.07.2022 rīkojumu Nr. 492 "Par Latvijas Jūras akadēmijas reorganizāciju" tā no 01.11.2022 iekļauta Rīgas Tehniskās universitātes sastāvā.
RTU LJA pārvaldes orgāni ir RTU LJA Dome un RTU LJA Jūrniecības padome. RTU LJA Dome ir RTU LJA koleģiāla augstākā akadēmiskā lēmējinstitūcija, kas ir atbildīga par RTU LJA izglītības un pētniecības procesiem. Kā padomdevēja institūcija RTU LJA darbojas RTU LJA Jūrniecības padome, koleģiāla padomdevēju institūcija, kas, ņemot vērā jūrniecības nozares specifiku, piedalās RTU LJA stratēģiskajā vadībā.
RTU Latvijas Jūras akadēmijas organizatoriskā struktūra atspoguļota attēlā:
