Saskaņā ar Ministru kabineta 06.07.2022 rīkojumu Nr. 492 "Par Latvijas Jūras akadēmijas reorganizāciju" tā no 01.11.2022 iekļauta Rīgas Tehniskās universitātes sastāvā.
Saskaņā ar Trīspusējā līguma 3.7.2.1. punktu RTU LJA struktūrvienības statuss atbilst RTU neatkarīga institūta statusam. Ar RTU Padomes 2022. gada 11. oktobra lēmumu “Par Latvijas Jūras akadēmijas iekļaušanu RTU pamatstruktūrā un RTU struktūrshēmas apstiprināšanu jaunā redakcijā” RTU LJA ir iekļauta RTU struktūrā un apstiprinātas RTU LJA struktūrvienības:
RTU LJA pārvaldes orgāni ir RTU LJA Dome un RTU LJA direktors. RTU LJA Dome ir RTU LJA koleģiāla augstākā akadēmiskā lēmējinstitūcija, kas ir atbildīga par RTU LJA izglītības un pētniecības procesiem. Kā padomdevēja institūcija RTU LJA darbojas RTU LJA Jūrniecības padome, koleģiāla padomdevēju institūcija, kas, ņemot vērā jūrniecības nozares specifiku, piedalās RTU LJA stratēģiskajā vadībā.
RTU Latvijas Jūras akadēmijas organizatoriskā struktūra atspoguļota attēlā: